Umap RNA-Seq

1. Co to jest Umap w RNA SEQ?
2. Do czego służy Umap?
3. Co jest lepsze Umap lub T-sne?
4. Dlaczego Umap jest lepszy niż PCA?

Co to jest Umap w RNA SEQ?

Jednolite aproksymacja i projekcja (UMAP) jest techniką redukcji wymiarów zaproponowaną przez McInnesa i in. (2018) (patrz Associated Paper).

Do czego służy Umap?

UMAP jest algorytmem redukcji wymiarów opartych na różnorodnych technikach uczenia się i pomysłów z analizy danych topologicznych. Zapewnia bardzo ogólne ramy do zbliżania się do uczenia się różnorodnego i redukcji wymiarów, ale może również zapewniać określone konkretne realizacje.

Co jest lepsze Umap lub T-sne?

Dzięki rozwiązaniu w budowaniu wykresu o wysokiej wymiarach, UMAP teoretycznie oszczędza więcej czasu i obliczeń niż T-SNE. Doniesiono, że redukcja wymiarowości zestawu danych z 784-D do 3-D zajęła Umap tylko 3 minuty, podczas gdy T-SNE 45!

Dlaczego Umap jest lepszy niż PCA?

UMAP przewyższyło T-SNE i PCA, jeśli spojrzymy na działkę 2D i 3D, możemy zobaczyć mini-klastry, które są dobrze oddzielone. Jest bardzo skuteczny w wizualizacji klastrów lub grup punktów danych i ich względnych bliskości.