Usuwanie niechcianej zmienności z danych sekwencjonowania RNA na dużą skalę za pomocą PRPS

1. Jak normalizować dane ekspresji genów?
2. Który RNA należy usunąć z próbki przed wykonaniem RNA SEQ?
3. Jak normalizować RPKM?

Jak normalizować dane ekspresji genów?

Normalizacja osiąga się poprzez podzielenie wartości ekspresji przez całkowitą intensywność (i.mi., suma wszystkich wartości wyrażenia) danej tablicy. Centralizacja¹¹ zakłada, że ​​regulacja jest dobrze zachowana, ja.mi., Większość genów nie jest znacząco regulowana lub mniej więcej równa liczba genów jest regulowana w górę i w dół.

Który RNA należy usunąć z próbki przed wykonaniem RNA SEQ?

RNA rybosomalny (rRNA) jest najbardziej obfitym składnikiem całkowitego RNA izolowanego z komórek zwierzęcych lub ludzkich i tkanek, obejmujących większość (>80% do 90%) cząsteczek w całkowitej próbce RNA⁷. Aby umożliwić wydajne wykrywanie transkryptu/genu, przed sekwencjonowaniem należy usunąć wysoce obfite RRNA.

Jak normalizować RPKM?

Oto, jak to robisz dla RPKM: Policz całkowitą liczbę odczytów w próbce i podziel tę liczbę o 1 000 000 - jest to nasz współczynnik skalowania „na milion”. Podzielić liczbę odczytu przez współczynnik skalowania „na milion”. To normalizuje się w celu sekwencjonowania głębokości, co daje odczyty na milion (RPM)